Com grande interesse pelo conhecimento sobre a igreja, passou a ser considerado uma enciclopédia e começou a escrever alguns livros. Ao ingressar na Organização São Bonifácio, assumiu a função de diplomata da igreja católica, viajando o mundo para prestar assistência espiritual às comunidades germânicas. No começo da década de 1930, ante as hostilidades que começaram a ser praticadas pelo partido nazista, Scherer posicionou-se contra o novo regime e começou a sofrer perseguições. Por isso, resolveu trocar seus bens por terras no Brasil, em uma operação triangular envolvendo a Paraná Plantations (que tinha a Companhia de Terras Norte do Paraná como sua subsidiária), sediada em Londres, e o governo alemão, que era compensado com materiais da indústria bélica.

Em 1936, Scherer vem para o Brasil e se decepciona ao saber que suas terras estavam tomadas por uma densa floresta virgem. Pior: estavam localizadas longe de Roland, onde já havia uma comunidade alemã (atual Rolândia). Começavam aí os seus atritos com a Companhia de Terras Norte do Paraná (CTNP). E como é que um sacerdote, diplomata e catedrático, escritor reconhecido e poliglota, iria morar no meio da mata, em condições tão precárias? Mas foi o que aconteceu. Ele assumiu a fazenda localizada atualmente no Conjunto Cidade Alta e, em 1940, já havia construído sua casa e a capela que foi consagrada a São Bonifácio, o mesmo nome da propriedade. Precedeu ao lançamento da pedra fundamental de Maringá, ocorrida em 1942. E foi o primeiro padre do lugar, tendo participado da solenidade de fundação da cidade, em maio de 1947. Plantou café e perdeu tudo com a geada, instalou uma olaria e não foi em frente. Importou porcos de raça que acabaram morrendo por doenças. Mas era um padre querido pelas famílias, apesar de sua peculiar rispidez.

Foi desafeto do bispo de Jacarezinho, dom Geraldo de Proença Sigoud, a quem estava subordinado. E, por isso, recebeu a pedras os primeiros padres enviados para cá, que se sentiam humilhados pelo alemão. Em 1945, contrariando a CTNP, lidera a construção da Capela Santa Cruz, concluída em 1946. Durante a II Guerra Mundial, apesar de seu histórico antinazista, era visto com desconfiança pelas autoridades. E, para deslocar-se de um lugar a outro, dependia de um salvo-conduto. 

No final da década de 1940, negocia sua fazenda com a Ordem dos Palotinos em troca de um salário vitalício e, em 1953, vai embora de Maringá. No litoral do Paraná, volta a escrever biografias, o que continua fazendo em São Paulo, quando ingressou no mosteiro dos Beneditinos. Emílio Clemente Scherer retorna já idoso para a Alemanha, onde morre em 1970.