Os anos 1940 continuaram intensos para João Alfredo de Menezes. A destacada participação empresarial e social levou-o, em 1945, a ser eleito presidente da Associação Comercial de Londrina (ACL), atual ACIL. A natureza da função somada à dedicação de Menezes ao desenvolvimento de Londrina refletiram o seu envolvimento em causas sociais e infraestruturais. 

Dois desses casos, pelo menos, viraram polêmicas que extrapolaram os limites da associação e da própria cidade. No primeiro, encabeçou a luta por melhores condições de transporte, pois era preciso conseguir mais vagões de trem para escoar a safra agrícola colhida no Norte do Paraná. Na segunda, liderou um movimento para reivindicar a melhoria no fornecimento de energia elétrica à cidade. João Menezes, incansável e com um espírito inovador, teve uma atuação com desdobramentos para além das divisas da cidade. 

A vida de João Alfredo de Menezes tomou um rumo político mais direto em 1947, quando decidiu se candidatar a prefeito. Competindo com Hugo Cabral, não obteve sucesso nas urnas, uma derrota que talvez tenha sido um divisor de águas em sua trajetória. Por causa da derrota eleitoral ou por outros motivos acumulados, ele decidiu encerrar suas atividades empresariais em Londrina e mudar-se para Maringá.

Em Londrina, Menezes morou em um casarão de madeira na rua Minas Gerais, em um trecho onde hoje é a rua Souza Naves. No local atualmente existe o prédio onde funcionava o Supermercado Musamar. Após a partida de João Menezes, essa residência foi ocupada pelos irmãos médicos Anísio e João Figueiredo. 

Em Maringá, Menezes viveu até seu falecimento precoce, em 25 de agosto de 1959, aos 52 anos. A Associação Comercial e Industrial de Londrina (ACIL) honrou sua memória nomeando um de seus auditórios em sua homenagem, um gesto que simboliza seu impacto duradouro na comunidade empresarial local .

Fontes: Memórias fotográficas: a fotografia e fragmentos da história de Londrina. Paulo César Boni, Rosana Reineri Unfried e Omeletino Benatto. Midiograf, 2013. / Museu Histórico de Londrina Padre Carlos Weiss / Acervo Londrina Histórica.